En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında, iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş, diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir. Edward artık bir hükumet ajanıdır ve askeri bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak, hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward, başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.
Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya adeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları, kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.
Ed ve Al'ın, Felsefe Taşı'nın peşindeki serüvenleri devam ediyor.
